ファイルアップ時にデフォルトでディレクトリが選ばれているようにする。
MTをインストールしたシステムディレクトリ内にある、/tmpl/cms/include/asset_upload.tmplの1行目に次の1行を追加。

<$mt:setvar name="extra_path" value="ディレクトリ名"$>

アイテムのサムネール画像など、システムが生成する画像の保存ディレクトリを変更する。（デフォルトだとasset_cというディレクトリが生成される）
mt-config.cgiに次の1行を追加。

AssetCacheDir ディレクトリ名

参考にさせて頂いたサイト：
Movable Type 4.2 のデフォルトファイルアップロード先の指定 | SCREAMO CREATIVE.
MT4のアップロード画像のキャッシュディレクトリ – Rewish.

詳しくは：Allowed memory size of XXXX bytes exhausted – SquirrelMail Japan.

{{php}}
ここにPHPを書く
{{/php}}

<?php を {{php}} にして、?> を {{/php}} にするだけ。簡単。
これでPHPが普通に通ります。関数も問題なし。

参考にさせて頂いたサイト：Knowledge Database IT

こっちもそのうちお世話になりそう。WingMemo：MTIncludeに変数を取り込む

[2009/12/25 追記]
と思ったらウソでした。書けました。<?や<?=といった省略形ではなく、ちゃんと<?phpと記述することで普通に書けます。。

<?php
ここにPHPを書く
?>

また、PHPをそのまま書くと、PHP内でMTタグを使用することができません。これはPHPを実行するタイミングとMTタグが解析されるタイミングの問題なのかなーと思いますがよく分かりません。
これを解決するためにはPHPをSmartyの記法で書く必要がありますが、それはまたこんど。

ところでMT5にはMT4にあったアクションストリームとMotionが組み込まれないことになりました。（ただし将来的には提供されるかも？）

Motion一度も使ったことないけど使ってみたいなーとか、最近やっとTwitterとかTumblrとかはじめたんだけどなーとか思ってたら、MT5ユーザーコミュニティにて、アクションストリームプラグインが有志で作られてました。
アクションストリームプラグイン（MT5用） – MTQ | Movable Type 5 ユーザーコミュニティ.

あ、藤本さんだ。有名人ですね。
ダウンロードはこちらからできるようです。
MT5用アクションストリームプラグイン一部修正 – The blog of H.Fujimoto.

なかったら作ればいい。
エンジニアってかっこいい。